Nació en la ciudad de Asunción en el año 1576, hijo de Bartolomé González de Villaverde y María de Santa Cruz. En el año 1598 el Obispo de Tucumán lo ordenó sacerdote del clero secular. Su dominio de la lengua guaraní fue un condicionante para que sus superiores lo enviasen a misionar a la región de Mbaracayú, zona de yerbales, camino al Guayrá, donde miles de indígenas estaban sometidos al régimen de la encomienda. Allí entra en contacto con la miserable vida que llevaban los guaraníes, víctimas indefensas de los abusos de los encomenderos.
Consternado por aquel “infierno verde”, donde únicamente se abrían tumbas colectivas, decidió ingresar en la Compañía de Jesús, renunciando previamente a la designación de Vicario General de la Diócesis de Asunción. A finales del año 1609 el Provincial Diego de Torres lo envió a misionar entre los guaycurúes y guaraníes.
En el año 1612 reemplaza al padre Lorenzana en la conducción de la reducción de San Ignacio Guazú, la primera fundada en la región del Paraná. En el año 1615 fundó la reducción de Nuestra Señora de la Asunción de Itapúa (actual Posadas), a la que él mismo denominó “puerta del Uruguay y del Alto Paraná”. Entonces, como símbolo del evangelio en la región, levanta una gigantesca cruz en medio del río Paraná, probablemente en la isla Sarandí.
Prosigue luego con la cristianización y funda las reducciones de Yaguapohá y Santa Ana del Ibera, en la actual provincia de Corrientes. Recorre todo el curso del río Paraná partiendo desde Itapúa, cruza el río Iguazú y llega hasta Ciudad Real en el Guayrá, abriendo una nueva ruta de comunicación. Luego dirige sus exploraciones hacia el sur y funda en el año 1619 la reducción de Nuestra Señora de la Limpia Concepción del Ibitiracuá, a orillas del río Uruguay.
En el año 1626 cruza el río Uruguay y funda la reducción de San Nicolás de Bari, la primera al oriente del Uruguay. Luego realiza los primeros contactos con grupos guaraníes que habitaban la desembocadura del Ibicuy en el Uruguay, lo que luego dará origen a la reducción de Yapeyú.
En 1628, mientras intentaba fundar una nueva reducción en el Caaró, en la región del Tapé, muere violentamente en mano de los indígenas.
Declarado Santo en 1988